La Fédération Nationale des Détaillants en Produits Laitiers (FNDPL), la Fédération Nationale de l’Épicerie (FNDE) et l’Union Nationale des Syndicats de Détaillants en Fruits, Légumes et Primeurs (UNFD) se sont regroupées pour gérer ensemble une politique de formation commune au sein de l'AFFLEC.
Ainsi, l'une des missions particulières de l’AFFLEC est d'organiser la formation professionnelle et toute action propre à développer la formation des salariés et des entrepreneurs du secteur.
Parrallèlement à des stages courts d'initiation ou de perfectionnement, le dispositif essentiel de cette politique de formation est le Certificat de Qualification Professionnelle (CQP).
L'AFFLEC est la cheville ouvrière du dispositif CQP et intervient de l'habilitation des organismes de formation autorisés à préparer aux CQP à la tenue des épreuves de certification des candidats.